Kod ove metode se ne ostavlja mogućnost samim spermatozoidima da nađu put kroz omotač jajne ćelije, već ovim postupkom upravlja biolog. Ovom metodom jedan spermatozoid se direktno pomoću mikroinjekcije, a pod kontrolom mikroskopa uvodi u jajnu ćeliju. To je posebno važno u situacijama kad raspolažemo s relativno malim brojem jajnih ćelija, što je najčešće i slučaj. Mikroinjekcija je također jedini realan način oplodnje u slučajevima malog broja i slabe pokretljivosti spermatozoida (oligoasthenospermia). Na kraju, postupak se primjenjuje i u slučajevima odbojnosti jajnih ćelija, odnosno kad spermatozoidi iz određenih razloga pri pokušaju klasične vantjelesne oplodnje ne mogu naći put do cilja. Mikrofertilizacija je ponekad praćena i aspiracijskom punkcijom testisa (TESA) ili pravom hirurškom biopsijom (TESE), u slučajevima kada u ejakulatu nema spermatozoida kojima bi se izvršila oplodnja. Definitivna odluka donosi se u dogovoru sa parom i uz njihovu saglasnost, te je i to jedan od razloga zašto treba da budete upoznati sa osnovnim elementima postupka.